ข้อพิพาทระหว่างไทย-กัมพูชา ถือเป็นปัจจัยสำคัญที่ส่งผลกระทบต่อความสัมพันธ์ระหว่าง สองประเทศเป็นอย่างมาก ไม่ว่าในส่วนของปราสาทพระวิหาร ซึ่งไทยและกัมพูชาต่างเคยพยายามอ้างสิทธิเหนือปราสาทดังกล่าว แต่ศาลยุติธรรมระหว่างประเทศ (International Court of Justice) ได้ตัดสินไว้ในปี พ.ศ.๒๕๐๕ ให้ปราสาทพระวิหารตั้งอยู่ในอาณาเขตภายใต้อธิปไตยของกัมพูชา ส่งผลให้ไทยจำเป็นต้องคืนปราสาทพระวิหารให้แก่กัมพูชา อย่างไรก็ตาม คำตัดสินดังกล่าวของศาล เป็นเพียงคำตัดสินเฉพาะประเด็นเรื่องกรรมสิทธิ์ในตัวปราสาทพระวิหารโดยเฉพาะปัญหาพื้นที่ทับซ้อน ๔.๖ ตร.กม. ปัญหาความสัมพันธ์ระหว่างทั้งสองประเทศเป็นอย่างมาก เกิดจากการที่ไทยและกัมพูชาต่างประกาศเขต ไหล่ทวีปต่างกัน ทำให้เกิดพื้นที่เหลื่อมทับทางทะเลประมาณ ๓๔,๐๔๓ ตร.กม. จนเกิดปัญหาข้อพิพาทระหว่างกันที่สำคัญ อาทิ ปัญหาการอ้างเขตไหล่ทวีปทับซ้อนระหว่างไทย-กัมพูชา และปัญหาอำนาจอธิปไตยเหนือเกาะกูด เป็นต้น